Epidemiologic versus Genetic Relatedness to Define an Outbreak-Associated Uropathogenic Escherichia coli Group
Notice bibliographique
Résumé
SIR—France et al. [1] reported that a recently described clonal group of uropathogenic Escherichia coli appears to be distantly clonal and is not an outbreak-related group. They used a variety of strain-typing methods (enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence 2 [ERIC 2] PCR, fumC C288T single-nucleotide polymorphism [SNP] analysis, PFGE, virulence profile, and mechanism of resistance) to show that a group of E. coli strains defined as clonal group A (CGA) by ERIC 2 PCR analysis was considerably more diverse than would be expected for an outbreak-related clone. Their conclusion, based on the analysis of their collection of 45 trimethoprim-sulfamethoxazole–resistant CGA isolates obtained from patients with cases of urinary tract infection (UTI) from 1996–1999, is valid and not surprising. However, their conclusion may lack external validity. We feel that a collection of only 45 isolates spread over 3 years, by definition, is not likely to reveal any UTI outbreak. E. coli O157:H7 that causes outbreaks of hemorrhagic colitis is also distantly clonal [2, 3]. If PFGE analysis were applied to a small collection of E. coli O157:H7 strains from a single geographic site over a 3-year period, they would also be found to be diverse, even though this E. coli serotype is implicated in well-recognized outbreaks. The authors cannot generalize from a single collection of CGA that CGA does not constitute an outbreak-associated group.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».