Negative‐charge driven fragmentations for evidencing zwitterionic forms from doubly charged coppered peptides
Notice bibliographique
Résumé
In aqueous solution, amino acids (AA) and peptides are known to exist as zwitterions over a large pH range. However, in the gas phase, i.e. in electrospray (ESI), the zwitterionic form becomes unfavorable owing to the absence of stabilizing effects from intermolecular solvation. Nevertheless, during mass spectrometry experiments, the presence of a metallic cation can reinforce the zwitterionic character of the molecule and thus influence its fragmentation under low energy collision-induced dissociation (CID) conditions. The [M + Cu(II)](2+) complexes of six pentapeptides (YGGFL, YGGFL(NH(2)), YGGFK, YGGFQ, KYGGF and QYGGF) were analyzed by collision to highlight the presence of zwitterions. The experiments were performed on a 3D-ion trap equipped with an orthogonal ESI source. For each peptides studied, negative-charge driven fragmentations on globally positively charged ions were observed. These fragmentation mechanisms, generally observed in the negative mode, suggest the competitive deprotonation of the C-terminal carboxylic acid or of the tyrosine side-chain residue for each peptide studied and thus a zwitterionic form to preserve the charge balance. Moreover, the specific loss of (CH(3)--C(6)H(4)--O)(*) characterizes YGGFK compared to YGGFQ and the specific loss of styrene characterizes KYGGF compared to QYGGF. These results allow the differentiation of the two couples of isobaric pentapeptides. An unusual loss of NH(4) (+), which occurred from the N-terminus, was also observed for YGGFL, YGGFL(NH(2)), YGGFK and YGGFQ. Finally, the reduction of Cu(II) to Cu(I), concomitant with the (CH(3)--C(6)H(4)--O)(*) release, was pointed out for YGGFK.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».