Hydrolytic Mechanism of OXA-58 Enzyme, a Carbapenem-hydrolyzing Class D β-Lactamase from Acinetobacter baumannii
Notice bibliographique
Résumé
Carbapenem-hydrolyzing class D β-lactamases (CHDLs) represent an emerging antibiotic resistance mechanism encountered among the most opportunistic Gram-negative bacterial pathogens. We report here the substrate kinetics and mechanistic characterization of a prominent CHDL, the OXA-58 enzyme, from Acinetobacter baumannii. OXA-58 uses a carbamylated lysine to activate the nucleophilic serine used for β-lactam hydrolysis. The deacylating water molecule approaches the acyl-enzyme species, anchored at this serine (Ser-83), from the α-face. Our data show that OXA-58 retains the catalytic machinery found in class D β-lactamases, of which OXA-10 is representative. Comparison of the homology model of OXA-58 and the recently solved crystal structures of OXA-24 and OXA-48 with the OXA-10 crystal structure suggests that these CHDLs have evolved the ability to hydrolyze imipenem, an important carbapenem in clinical use, by subtle structural changes in the active site. These changes may contribute to tighter binding of imipenem to the active site and removal of steric hindrances from the path of the deacylating water molecule.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».