Sequence analysis of isolates of the Canadian<i>Plum pox virus</i>, and comparisons to isolates from Europe and the United States
Notice bibliographique
Résumé
The complete genome sequences of seven isolates of Canadian Plum pox virus (PPV) obtained from infected peach, plum, and flowering almond have been determined. All sequences were most similar to PPV-D strain. Comparison of the sequences of nucleotides and amino acids of the seven isolates indicate that Canadian isolates fall into two main subgroups, I and II, with subgroup I isolates being most closely related to European PPV-D isolates. All isolates of subgroup I (two) were from plum, whereas for isolates of subgroup II, four were obtained from peach and one isolate from flowering almond. Comparisons of complete PPV-D isolates from Canada, Europe, and the United States show that these fall into distinct groupings based on geographic origin. Alignments of Canadian, European, and United States PPV-D isolates revealed that there were only 13 positions in the PPV polyprotein where a variant amino acid exists in more than one isolate. A diagnostic RsaI site, often used to assign strain-D status to an isolate, was found to be absent in several Canadian PPV-D isolates, suggesting that caution should be exerted when employing this restriction site polymorphism for strain identification
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».