Identifying parental chromosomes and genomic rearrangements in animal hybrid complexes of species with small genome size using Genomic In Situ Hybridization (GISH)
Notice bibliographique
Résumé
Genomic In Situ Hybridization (GISH) is a powerful tool to identify and to quantify genomic constituents in allopolyploids, and is mainly based on hybridization of highly and moderate repetitive sequences. In animals, as opposed to plants, GISH has not been widely used in part because there are technical problems in obtaining informative results. Using the allopolyploid Squalius alburnoides Steindachner, 1866 fish complex as a model system, we succeeded in overcoming methodological constraints when dealing with parental species with a small genome size. This hybridogenetic complex has biotypes with different genome compositions and ploidy levels, but parental chromosomes are small, morphologically very similar and therefore cannot be distinguished by conventional cytogenetic approaches. Specimens have a small genome (C-value1.2 pg) with a low level of highly and moderate repetitive sequences, mainly located at pericentromeric chromosome regions. Since it is well known that probe annealing depends on probe concentration and hybridization time to obtain uniform hybridization signals along the chromosome arms, we progressively increased the amount of labeled probes from 100ng up to 1µg and the incubation time from overnight up to 5 days. We also made other smaller improvements. Results showed a clear enhancement of signals with respect to previous data, allowing an accurate and reproducible assignment of the parental genomes in both diploid and triploid fish.It was thus evidenced that high probes' concentrations and long incubation time are the key to obtain, without extra image editing, uniform and reliable hybridization signals in metaphase chromosomes of animal hybrids from species with small genome size.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».