Secondary Structural Analysis of the Na<sup>+</sup>, K<sup>+</sup>-ATPase and its Na<sup>+</sup>(E<sub>1</sub>) and K<sup>+</sup>(E<sub>2</sub>) Complexes by FTIR Spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
The Na(+),K(+)-ATPase is an integral membrane protein which transports sodium and potassium cations against an electrochemical gradient. The transport of Na(+) and K(+) ions is presumably connected to an oscillation of the enzyme between the two conformational states, the E(1) (Na(+)) and the E(2) (K(+)) conformations. The E(1) and E(2) states have different affinities for ligand interaction. However, the determination of the secondary structure of this enzyme in its sodium and potassium forms has been the subject of much controversy. This study was designed to provide a quantitative analysis of the secondary structure of the Na(+),K(+)-ATPase in its sodium (E(1)) and potassium (E(2)) states in both H(2)O and D(2)O solutions at physiological pH, using Fourier transform infrared (FTIR) with its self-deconvolution and second derivative resolution enhancement methods, as well as curve-fitting procedures. Spectroscopic analysis showed that the secondary structure of the sodium salt of the Na(+),K(+)-ATPase in H(2)O solution contains alpha-helix 19.8+/-1%, beta-sheet 25.6+/-1%, turn 9.1+/-1%, and beta-anti 7.5+/-1%, whereas in D(2)O solution, the enzyme shows alpha-helix 16.8+/-1%, beta-sheet 24.5+/-1.5%, turn 10.9+/-1%, beta-anti 9.8+/-1%, and random coil 38.0+/-2%. Similarly, the potassium salt in H(2)O solution contains alpha-helix 16.6+/-1%, beta-sheet 26.4+/-1.5%, turn 8.9+/-1%, and beta-anti 8.1+/-1%, while in D(2)O solution it shows alpha-helix 16.2+/-1%, beta-sheet 24.5+/-1.5%, turn 10.3+/-1%, beta-anti 9.0+/-1%, and random coil 40+/-2%. Thus the main differences for the sodium and potassium forms of the Na(+),K(+)-ATPase are alpha-helix 3.2% in H(2)O and 0.6% in D(2)O, beta-sheet (pleated and anti) 1.5% in H(2)O and random structure 2% (D(2)O), while for other minor components (turn structure), the differences are less than 1%.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».