Quantitative structure—activity relationships for the prediction of relative in vitro potencies (REPs) for chloronaphthalenes
Notice bibliographique
Résumé
Chloronaphthalenes (CNs), due to their structural similarities to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin (TCDD) and the other "dioxin-like" compounds, can bind to the aryl hydrocarbon receptor (AhR) and induce a wide range of pleotrophic effects. Relative potency of individual dioxin analogues can be measured relative to that of TCDD. Relative effects potencies (REP) can be based on many responses, including in vivo and in vitro responses. Both in vivo and in vitro tests, based on either indigenous responses such as the induction of ethoxyresorufin O-deethylase (EROD) or exogenous reporter genes under the control of the AhR such as luciferase can be used to determine REP values. Here we used measured REP values determined for CNs in two assays. Both assays are based on H4IIE rat hepatoma cells. The H4IIE assay is based on expression of the endogenous reporter gene (CYP-1 A) that codes for the expression of EROD and the H4IIE-luc assay which is based on the exogenous reporter gene (luciferase) transfected into the H4IIE cell line. Experimentally determined REP were available for only 17 and 18 of the 75 possible choronaphthalene congeners, for the H4IIE and H4IIE-luc assays, respectively. For this reason computational models were developed to allow prediction of the relative potencies of the other CN congeners. Predictive relationships were based on quantum chemical descriptors obtained from Density Functional Theory (DFT) calculations (B3LYP/6-311++G**). The final models were found by means of a hybrid method combining a genetic algorithm and artificial neural networks. REP values estimated for individual CNs based on the H4IIE assay ranged from 4.3 x 10(- 9) to 3.2 x 10(- 2) while those based on the H4IIE-luc assay ranged from 4.0 x 10(- 8) to 1.8 x 10(- 3). CN congeners nos. 66, 67, 70 and 73 were exhibited the greatest REP values in both assays. The 1,2,3,5,6,8-hexaCN congener (no. 68) had a REP value that was 10-fold less. The remaining congeners had REP values that were less or did not cause sufficient up-regulation of the monitored genes to allow for the calculation of a REP. Interactions of CNs with the AhR could be affected by three possible factors: molecular size, steric interactions and electrostatic interactions. These findings are discussed relative to the use of consensus TCDD equivalency factors' (TEFs) for use in risk assessments of CNs for regulatory purposes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».