Occurrence of <i>Tomato yellow leaf curl virus</i> in Tomato in Martinique, Lesser Antilles
Notice bibliographique
Résumé
During April of 2002, symptoms of stunting and chlorotic curled leaves of reduced size, similar to those caused by Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV), were observed for the first time in commercial tomato (Solanum lycopersicum) in the northwest region of Martinique. Six months later, many tomato fields had more than 80% of plants expressing these symptoms and yield was drastically reduced. Samples from two symptomatic plants were collected and analyzed by PCR. Primers PC1 (5'-TGACTATGTCGAAGCGACCAGG-3') and PC2 (5'-CGACATTACAGCCTCAGACTGG-3') were used to amplify a 950-bp fragment within the coat protein gene (CP) of TYLCV species (1). Primer pair MP16-MP82 (2) amplified a 550-bp fragment from the conserved nonanucleotide sequence (TAATATTAC) to the 5' end of the CP gene. Products of expected sizes were obtained with both pairs of primers from symptomatic samples but not from uninfected ones. The two overlapping PCR products were cloned into a pGEM-T Easy Vector (Promega, Madison, WI) and sequenced. A BLAST analysis was conducted with begomovirus sequences available in the GenBank database at the NCBI, and DNAMAN software (Lynnon Corporation, Quebec, Canada) was used for further comparisons. The 1275-bp sequence (GenBank Accession No. EF490995) shared 99% nucleotide identity with the partial sequences of TYLCV from Antigua and Barbuda (GenBank Accession No. EF028240), Saint Kitts and Nevis (GenBank Accession No. EF028239), and the two overlapping sequences from Guadeloupe (GenBank Accessions No. AY319645 and AY319646). It was at least 98% identical to TYLCV isolates from Florida (GenBank Accession No AY530931), Dominican Republic (GenBank Accession No. AF024715), and Cuba (GenBank Accession No. AJ223505). These results confirm the introduction of TYLCV into Martinique, possibly from a nearby Caribbean country, and reveal its southward spread in the Lesser Antilles. The nearness of the islands in the Lesser Antilles (20 to 100 km distant) probably permitted the rapid spread of TYLCV through the movement of plant material or wind transport of viruliferous whiteflies from one island to the next. Monitoring the spread of TYLCV in this Caribbean archipelago is important for regional virus management and in forecasting the spread of TYLCV to nearby countries in South America. References: (1) Y. Martinez et al. Rev. Prot. Veg. 18:168, 2003. (2) P. Umaharan et al. Phytopathology 88:1262, 1998.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».