Gene disruption in Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii by in vitro transposition
Notice bibliographique
Résumé
Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii are basidiomycetous fungi that infect immunocompromised and immunocompetent people. We developed an insertional mutagenesis strategy for these species based on in vitro transposition and we tested the method by disrupting the URA5 gene in a strain of C. neoformans and the CAP10 gene in three strains of C. gattii. We targeted plasmid DNA containing the URA5 gene or plasmid DNA containing the CAP10 gene from genomic libraries from the shotgun sequencing project for the C. gatti strain WM276. In the latter case, the availability of the end sequences of the clones from the assembled genomic sequence allows rapid selection of target genes for disruption. Modified transposons containing the nourseothricin (NAT) or neomycin (Neo) resistance cassettes were randomly inserted into the target DNA by in vitro transposition. The disrupted genes were used for biolistic transformation and homologous integration was subsequently confirmed by PCR and Southern blot analysis. These results demonstrate that the emerging genomic resources, combined with in vitro transposition into plasmid DNAs from shotgun sequencing libraries or cloned PCR products, will facilitate high-throughput genetic analysis in Cryptococcus species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».