Evolution of Cyclin B3 Shows an Abrupt Three-Fold Size Increase, due to the Extension of a Single Exon in Placental Mammals, Allowing for New Protein–Protein Interactions
Notice bibliographique
Résumé
Cyclin B3 evolution has the unique peculiarity of an abrupt 3-fold increase of the protein size in the mammalian lineage due to the extension of a single exon. We have analyzed the evolution of the gene to define the modalities of this event and the possible consequences on the function of the protein. Database searches can trace the appearance of the gene to the origin of metazoans. Most introns were already present in early metazoans, and the intron-exon structure as well as the protein size were fairly conserved in invertebrates and nonmammalian vertebrates. Although intron gains are considered as rare events, we identified two cases, one at the prochordate-chordate transition and one in murids, resulting from different mechanisms. At the emergence of mammals, the gene was relocated from chromosome 6 of platypus to the X chromosome in marsupials, but the exon extension occurred only in placental mammals. A repetitive structure of 18 amino acids, of uncertain origin, is detectable in the 3,000-nt mammalian exon-encoded sequence, suggesting an extension by multiple internal duplications, some of which are still detectable in the primate lineage. Structure prediction programs suggest that the repetitive structure has no associated three-dimensional structure but rather a tendency for disorder. Splice variant isoforms were detected in several mammalian species but without conserved pattern, notably excluding the constant coexistence of premammalian-like transcripts, without the extension. The yeast two-hybrid method revealed that, in human, the extension allowed new interactions with ten unrelated proteins, most of them with specific three-dimensional structures involved in protein-protein interactions, and some highly expressed in testis, as is cyclin B3. The interactions with activator of cAMP-responsive element modulator in testis (ACT), germ cell-less homolog 1, and chromosome 1 open reading frame 14 remain to be verified in vivo since they may not be expressed at the same stages of spermatogenesis as cyclin B3.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».