Study of FTMT and ABCA4 genes in a patient affected by age-related macular degeneration: identification and analysis of new mutations
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Age-related macular degeneration (AMD) is a multifactorial disease for which an involvement of alterations in the retinal ABC transporter gene (ABCA4) is still debated. Oxidative stress in retinal pigment epithelial cells has been postulated to contribute to the pathogenesis of the disease. Mitochondrial ferritin (FtMt), an iron-sequestering protein, is expressed in cell types characterized by high metabolic activity and oxygen consumption, including human retina, suggesting a role in protecting mitochondria from iron-dependent oxidative damage. Based on these findings we wanted to investigate whether mutations in this gene could be found in AMD patients. METHODS: Mutational scanning of the FTMTgene was performed in a cohort of 50 patients affected by age-related macular degeneration. The ABCA4 gene was also scanned in one patient carrying an FtMt mutation. In silico analyses were carried out on the identified variants. The recombinant form of FtMt variant was expressed in Escherichia coli and biochemically characterized. RESULTS: One patient was found to be heterozygous for two previously unreported genetic changes: a complex FtMt mutation (c.437_450delinsCT: delAGGACATCAAGAAGinsCT) and a missense p.Leu973Phe (c.2919G>T) mutation in exon 20 of ABCA4. Computational analyses predicted a severe structural impairment for FtMt variant and a mild destabilizing effect for ABCA4. E. coli expression of recombinant FtMt variant yielded a highly insoluble protein that could not be renatured under in vitro conditions suitable for wild-type ferritins. CONCLUSIONS: Our findings suggest that the FtMt mutation may determine a condition similar to haploinsufficiency resulting in a reduced protection from iron-dependent oxidative stress in mitochondria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».