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Enregistrement W1992488076 · doi:10.1074/jbc.m114.584086

Second Transmembrane Helix (M2) and Long Range Coupling in Ca2+-ATPase

2014· article· en· W1992488076 sur OpenAlexfundno aff
Takashi Daiho, Kazuo Yamasaki, Stefánia Dankó, Hiroshi Suzuki

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIon Transport and Channel Regulation
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of TorontoAsahikawa Medical University
Mots-clésGatingTransmembrane domainBiophysicsHelix (gastropod)ChemistryTransmembrane proteinCytoplasmATPaseATP hydrolysisMutantProtein subunitCoupling (piping)Conformational changeCrystallographyStereochemistryCell biologyBiochemistryMembraneBiologyEnzymeMaterials science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The actuator (A) domain of sarco(endo)plasmic reticulum Ca(2+)-ATPase not only plays a catalytic role but also undergoes large rotational movements that influence the distant transport sites through connections with transmembrane helices M1 and M2. Here we explore the importance of long helix M2 and its junction with the A domain by disrupting the helix structure and elongating with insertions of five glycine residues. Insertions into the membrane region of M2 and the top junctional segment impair Ca(2+) transport despite reasonable ATPase activity, indicating that they are uncoupled. These mutants fail to occlude Ca(2+). Those at the top segment also exhibited accelerated phosphoenzyme isomerization E1P → E2P. Insertions into the middle of M2 markedly accelerate E2P hydrolysis and cause strong resistance to inhibition by luminal Ca(2+). Insertions along almost the entire M2 region inhibit the dephosphorylated enzyme transition E2 → E1. The results pinpoint which parts of M2 control cytoplasm gating and which are critical for luminal gating at each stage in the transport cycle and suggest that proper gate function requires appropriate interactions, tension, and/or rigidity in the M2 region at appropriate times for coupling with A domain movements and catalysis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,050
Score d'incertitude au seuil0,358

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,214 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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