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Enregistrement W1992590070 · doi:10.1021/ja011625f

A Solid-State <sup>17</sup>O Nuclear Magnetic Resonance Study of Nucleic Acid Bases

2002· article· en· W1992590070 sur OpenAlexaff
Gang Wu, Shuan Dong, Ramsey Ida, Nitin Reen

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Chemical Society · 2002
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueAdvanced NMR Techniques and Applications
Établissements canadiensQueen's University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryThymineUracilGuanineHydrogen bondCrystallographyTautomerNucleic acidMagic angle spinningChemical shiftCytosineSolid-state nuclear magnetic resonanceNuclear magnetic resonance spectroscopyNuclear magnetic resonance spectroscopy of nucleic acidsNucleobaseNMR spectra databaseComputational chemistryStereochemistryNuclear magnetic resonanceMoleculeFluorine-19 NMRPhysical chemistrySpectral lineDNATransverse relaxation-optimized spectroscopyNucleotideOrganic chemistryPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We report a systematic solid-state (17)O NMR study of free nucleic acid bases: thymine (T), uracil (U), cytosine (C), and guanine (G). Site-specifically (17)O-enriched samples were synthesized:[2-(17)O]thymine (1), [4-(17)O]thymine (2), [2-(17)O]uracil (3), [4-(17)O]uracil (4), [2-(17)O]cytosine (5), and [6-(17)O]guanine monohydrate (6). Magic-angle-spinning (MAS) and static (17)O NMR spectra were acquired at 11.75 T for compounds 1-6, from which information about the (17)O chemical shift and electric field gradient tensors was obtained. Extensive quantum chemical calculations were performed at the B3LYP/6-311++G(d,p) level of theory for (17)O NMR properties in various molecular models. The calculated (17)O NMR tensors are highly sensitive to the description of intermolecular hydrogen-bonding interactions at the target oxygen atom. A reasonably good agreement between experimental solid-state (17)O NMR data and B3LYP/6-311++G(d,p) calculations is achievable only in molecular cluster models where a complete hydrogen-bond network is considered. Using this theoretical approach, we also investigated the (17)O NMR tensors in two unusual structures: guanine- and uracil-quartets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,264 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations134
Publié2002
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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