Transmission of an Oxygen Availability Signal at the Salmonella enterica Serovar Typhimurium fis Promoter
Notice bibliographique
Résumé
The nucleoid-associated protein FIS is a global regulator of gene expression and chromosome structure in Escherichia coli and Salmonella enterica. Despite the importance of FIS for infection and intracellular invasion, very little is known about the regulation of S. enterica fis expression. Under standard laboratory growth conditions, fis is highly expressed during rapid growth but is then silenced as growth slows. However, if cells are cultured in non-aerated conditions, fis expression is sustained during stationary phase. This led us to test whether the redox-sensing transcription factors ArcA and FNR regulate S. enterica fis. Deletion of FNR had no detectable effect, whereas deletion of ArcA had the unexpected effect of further elevating fis expression in stationary phase. ArcA required RpoS for induction of fis expression, suggesting that ArcA indirectly affects fis expression. Other putative regulators were found to play diverse roles: FIS acted directly as an auto-repressor (as expected), whereas CRP had little direct effect on fis expression. Deleting regions of the fis promoter led to the discovery of a novel anaerobically-induced transcription start site (Pfis-2) upstream of the primary transcription start site (Pfis-1). Promoter truncation also revealed that the shortest functional fis promoter was incapable of sustained expression. Moreover, fis expression was observed to correlate directly with DNA supercoiling in non-aerated conditions. Thus, the full-length S. enterica fis promoter region may act as a topological switch that is sensitive to stress-induced duplex destabilisation and up-regulates expression in non-aerated conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».