Chromosome DNA fragmentation and excretion caused by defective prophage gene expression in the early-exponential-phase culture of<i>Bacillus subtilis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Bacillus subtilis 168 and its major autolysin mutant, AN8, were shown to excrete two size classes of DNA when cultured in Luria-Bertani medium. Pulsed-field gel electrophoresis of DNA harvested from the cell surface demonstrated the presence of 13-kb-long and circa 50-kb-long strands. Restriction digestion of both sizes of DNA resulted in a smearing pattern, as observed by agarose gel electrophoresis. Shotgun sequencing of DNase I partial digests of 50-kb DNA fragments revealed that the strands originate from various sites on the chromosome. SDS-PAGE analysis of cell surface fractions and culture supernatants demonstrated the presence of several proteins that were thought to be associated with the DNA. Of these, three major proteins were identified, i.e., XkdG, XkdK, and XkdM, by tandem mass spectrometry, all of which were proteins of a defective prophage PBSX residing in the Bacillus subtilis chromosome. Disruption of these PBSX genes resulted in a reduction of 13-kb fragment generation and excretion and also a great reduction of 50-kb fragment excretion. Electron microscopy showed that a few mature phages and numerous membrane vesicle-like particles existed in the cell surface fractions of strain 168. The present findings suggest that the spontaneous generation and excretion of chromosome DNA fragments in Bacillus subtilis are both closely related to the expression of defective prophage genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».