Abstract 4775: HPV16-E2/E4, -E6 and -E7 genes and HPV-disrupted human genes show large variation in expression levels in OSCC independent of the viral physical status.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Infection with high-risk human papillomavirus (HPV) type 16 is an independent risk factor for the development of oropharyngeal squamous cell carcinomas (OSCC). However, it is unclear whether viral integration is an essential hallmark in the carcinogenic process of OSCC and whether HPV integration correlates to the level of viral gene transcription and influences the expression of disrupted genes. HPV16 integration sites were assessed in 75 patients with HPV16-DNA- and p16INK4A-positive OSCC using Detection of Integrated Papillomavirus Sequences (DIPS)- as well as Amplification of Papillomavirus Oncogene Transcripts (APOT)-PCR. Quantitative RT-PCR assays were carried out to determine the viral E2/E4, E6 and E7 gene expression levels. Expression levels of 7 human genes disrupted by the virus were extracted from mRNA expression profiling data of 32 OSCC. Nuclear localization of HPV16 was visualized using Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) in 59 OSCC, and corresponding viral copy numbers were assessed by quantitative RT-PCR in 61 tumors. We identified 37 HPV16-human fusion products indicating viral integration in 29 (39%) OSCC. In the remaining tumors (61%) only episome-derived PCR products were detected. When comparing OSCC with or without an integration-derived fusion product, we neither found significant differences in the mean expression of the viral genes E2/E4, E6 and E7, the nuclear FISH staining patters nor the viral copy numbers per cell. The expression of the HPV-invaded genes also did not significantly differ when comparing the expression in the affected tumor with the expression of that gene in either group of OSCC. In conclusion, our data do not support the hypothesis that integration affects the levels of viral and/or HPV-disrupted human gene transcripts. Thus constitutive, rather than a high level, of expression of oncogene transcripts appears to be required in HPV-related OSCC. Citation Format: Jens P. Klussmann, Nadine C. Olthof, Christian U. Huebbers, Jutta Kolligs, Frans CS Ramaekers, Simon Preuss, Uta Drebber, Emily Vucic, Wan Lam, Bernd Kremer, Ernst Jan Speel. HPV16-E2/E4, -E6 and -E7 genes and HPV-disrupted human genes show large variation in expression levels in OSCC independent of the viral physical status. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 4775. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-4775
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».