Limited Evolution of Inferred HIV-1 Tropism while Viremia Is Undetectable during Standard HAART Therapy
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: HIV patients on suppressive antiretroviral therapy have undetectable viremia making it impossible to screen plasma HIV tropism if regimen change is required during suppression. We investigated the prevalence and predictors of tropism switch from CCR5-using ("R5") to non-CCR5-using ("non-R5") before and after viral suppression in the initially therapy-naïve HOMER cohort from British Columbia, Canada. METHODS: We compared pre-therapy and post-suppression viral genotypic tropism in patients who initiated on PI/NNRTI-based antiretroviral regimens between 1996-1999 (n = 462). Virologic suppression was defined as having two consecutive viral loads of <500 copies/mL, which was the sensitivity limit of most viral load assays at the time. Viral tropism was inferred by V3-loop-population-sequencing and geno2pheno[coreceptor] with cutoff at 5.75% false positive rate (FPR). RESULTS: When virologic suppression was defined as two-consecutive viral loads <500 copies/mL, 34 (9%) of the 397 patients with pre-therapy R5-virus switched to non-R5 at viral load rebound after a median of 19 months (IQR 8-41 months) of undetectable viremia. Duration of viral load suppression was not a predictor of switch, but lower CD4 count during suppression (median 400 versus 250 cells/mL) and an increased prevalence of pre-therapy non-R5 HIV by "deep" sequencing (median 0.2% versus 3.2%) were independently associated with switch (p = 0.03 and p<0.0001, respectively). CONCLUSION: R5-to-non-R5 tropism switches in plasma virus after undetectable viremia were relatively rare events especially among patients with higher CD4 counts during virologic suppression. Our study supports the use of pre-suppression tropism results if maraviroc is being considered during virologic suppression in this subgroup of patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».