Effect of protein binding on charge transfer in DNA: A simple model based on the superexchange mechanism
Notice bibliographique
Résumé
The effect of protein binding on the electronic coupling between distant redox centers in DNA is investigated in DNAprotein complex systems using the superexchange formalism. The systems (bridges) studied are described by a tight-binding electronic Hamiltonian in which site orbitals interact with one another through an exponentially decaying function of distance. Based on the "continuous-medium approximation," previously developed for large homogeneous three-dimensional systems (J.-M. Lopez-Castillo et al. J. Phys. Chem. 99, 6864 (1995)), the intervening bridge is defined by a unique dimensionless parameter Γ /E that controls the distance dependence of the electronic coupling. Here, E is the energy separation between the orbitals of the bridging medium and the redox sites (tunneling energy), and Γ is the electronic bandwidth of the bridge taken as a continuous medium. It was found that, for a given value of (Γ/E)DNA far from the DNA's resonance conditions and for (Γ/E)protein values near the protein's resonance conditions, the electronic coupling is independent of the donoracceptor distance when the acceptor lies within the "recognition region" of DNA. Moreover, when the redox centers are located on both sides of this region, the electronic coupling is many orders of magnitude larger than it should be, far from the protein's resonance conditions.Key words: DNA, DNAprotein complexes, long-range electron and hole transfers, electronic coupling, superexchange mechanism, energetic control, continuous-medium approximation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».