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Enregistrement W1993322944 · doi:10.1158/1538-7445.am2013-1333

Abstract 1333: Specific RB1 mutations and risk of subsequent neoplasms among survivors of hereditary retinoblastoma.

2013· article· en· W1993322944 sur OpenAlexaff
Lindsay M. Morton, Jeannette R. Wong, Brenda L. Gallie, David H. Abramson, Johanna M. Seddon, Michael Dean, Bert Gold, Alisa M. Goldstein, Ruth A. Kleinerman, Margaret A. Tucker

Notice bibliographique

RevueCancer Research · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOcular Oncology and Treatments
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésRetinoblastomaGermline mutationCancer researchGermlineBiologyCDKN2AFrameshift mutationRetinoblastoma proteinGeneticsExonNonsense mutationMissense mutationMutationMedicineGeneCell cycle

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The retinoblastoma tumor suppressor gene (RB1) is a key regulator of cell cycle control, most notably through E2F transcription factor binding. Deregulation of RB1 is important in many cancers. Survivors of hereditary retinoblastoma, caused by a germline mutation in RB1, experience substantially elevated risks for subsequent neoplasms, particularly bone and soft tissue sarcomas and melanomas. Oncogenic RB1 mutations arise from a range of DNA alterations and occur throughout the gene. No previous study has evaluated how the specific location and functional consequences of these RB1 mutations may differentially confer risk for specific subsequent neoplasms. As part of a biomarker study nested within a long-term follow-up study of the risk of subsequent cancers in retinoblastoma survivors, we identified germline RB1 mutations in 76/80 (95%) survivors of hereditary retinoblastoma who developed at least one subsequent neoplasm and had sufficient DNA for mutation testing (median follow-up time=47 years, range 7-71 years). Survivors were classified into four groups according to whether they ever developed a soft tissue sarcoma (STS, N=47), melanoma (without STS, N=10), bone tumor (without STS, N=5), or another type of subsequent malignant neoplasm (N=14). The identified mutations were distributed throughout RB1, from the promoter through exon 25. Nonsense, frameshift, or splice mutations that resulted in premature termination of the RB1 residue sequence were identified in 51 (67%) survivors, with the remaining classified as having loss of multiple exons (N=6), loss or rearrangement of a single exon (N=5), a splice mutation (N=7), a missense mutation (N=4), or an intronic substitution with unknown consequence (N=3). Preliminary analyses indicated that RB1 mutations resulting in loss of >2 exons were more common in survivors with a subsequent STS (40/47, 85%) than those with a subsequent melanoma (6/10, 60%) or bone tumor (2/5, 40%; Fisher's exact P<0.001). In an analysis of the RB1 regions impacted by the mutation, those that affected E2F binding (including mutations affecting the E2F binding site, Domain B, or Domain C) were more common in survivors with a subsequent STS (46/47, 98%) or melanoma (9/10, 90%) than those with a bone tumor (2/5, 40%; Fisher's exact P=0.020). Further analyses will include 14 additional survivors who developed a subsequent neoplasm for whom mutation testing is ongoing, and comparison of the spectrum of RB1 mutations in these survivors to hereditary retinoblastoma survivors without a subsequent neoplasm. If confirmed, such correlations between specific RB1 mutations and subsequent neoplasm risk may inform long-term surveillance practices for hereditary retinoblastoma survivors and provide insight into the key role of RB1 in oncogenesis. Citation Format: Lindsay M. Morton, Jeannette R. Wong, Brenda L. Gallie, David H. Abramson, Johanna M. Seddon, Michael Dean, Bert Gold, Alisa M. Goldstein, Ruth A. Kleinerman, Margaret A. Tucker. Specific RB1 mutations and risk of subsequent neoplasms among survivors of hereditary retinoblastoma. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 1333. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-1333

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,046
Tête enseignante GPT0,362
Écart entre enseignants0,315 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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