Crystal structure of plant pectin methylesterase
Notice bibliographique
Résumé
Due to the prolific use and abuse of antibiotics, pathogenic bacteria have evolved means to render these drugs ineffective. Resistant bacteria can counter the effects of antibiotics in several ways. For aminoglycosides, a group of bactericidal antibiotics that target the A-site of the 16S ribosomal RNA, the most common mode of resistance is enzyme-catalyzed chemical modification and detoxification of the drug. Aminoglycoside kinase (3') type IIIa (APH(3')-IIIa), an enzyme produced by pathogenic Gram-positive bacteria such as Enterococci and Staphylococci, is capable of conferring resistance to at least ten clinically important aminoglycoside antibiotics. In an effort to understand the promiscuity in substrate recognition by APH(3')-IIIa, we have determined the crystal structures, by molecular replacement, of APH(3')-IIIa in complex with ADP and kanamycin A, ADP and neomycin B, and AMPPNP (an ATP analog) and butirosin A. Refinement for the kanamycin and neomycin enzyme complexes have been completed to 2.4 and 2.7 angstroms with R-factors 0.234 and 0.219, respectively. Refinement for enzyme complexed with butirosin is in progress. These structures reveal that the basis for this enzyme's broad substrate spectrum is the presence of a flexible antibiotic-binding loop and a versatile antibiotic-binding pocket composed of three sub-sites. Comparison between the A site of the bacterial ribosome and APH(3')-IIIa shows a high degree of similarity in the pattern of hydrogen bonds to the aminoglycoside. However, they differ in their van der Waals interactions with the substrate, suggesting a potential strategy for the design and development of novel antibiotics and adjuvants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».