Long-amplicon propidium monoazide-PCR enumeration assay to detect viable Campylobacter and Salmonella
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: The effect of amplicon length on the ability of propidium monoazide-PCR (PMA-PCR) to reliably quantify viable cells without interference from dead cells was tested on heat- and ultraviolet (UV)-killed Salmonella enterica and Campylobacter jejuni, two important enteric pathogens of concern in environmental, food and clinical samples. METHODS AND RESULTS: PMA treatment followed by quantitative PCR (qPCR) amplification of short DNA fragments (<200 bp) resulted in incomplete signal inhibition of heat-treated Salm. enterica (3 log reduction) and Camp. jejuni (1 log reduction), whereas PCR amplification of a long DNA fragment (1·5 and 1·6 kb) completely suppressed the dead cell signal. PMA pretreatment of UV-irradiated cells did not affect PCR amplification, but long-amplicon PCR was shown to detect only viable cells for these samples, even without the addition of PMA. CONCLUSIONS: The long-amplicon PMA-PCR method was effective in targeting viable cells following heat and UV treatment and was applicable to enteric pathogens including Salmonella and Campylobacter that are difficult to enumerate using culture-based procedures. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: PCR amplicon length is important for effective removal of the dead cell signal in PMA pretreatment methods that target membrane-damaged cells, and also for inactivation mechanisms that cause direct DNA damage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».