A novel approach combining the Calgary Biofilm Device and Phenotype MicroArray for the characterization of the chemical sensitivity of bacterial biofilms
Notice bibliographique
Résumé
A rapid method for screening the metabolic susceptibility of biofilms to toxic compounds was developed by combining the Calgary Biofilm Device (MBEC device) and Phenotype MicroArray (PM) technology. The method was developed using Pseudomonas alcaliphila 34, a Cr(VI)-hyper-resistant bacterium, as the test organism. P. alcaliphila produced a robust biofilm after incubation for 16 h, reaching the maximum value after incubation for 24 h (9.4 × 10(6) ± 3.3 × 10(6) CFU peg(-1)). In order to detect the metabolic activity of cells in the biofilm, dye E (5×) and menadione sodium bisulphate (100 μM) were selected for redox detection chemistry, because they produced a high colorimetric yield in response to bacterial metabolism (340.4 ± 6.9 Omnilog Arbitrary Units). This combined approach, which avoids the limitations of traditional plate counts, was validated by testing the susceptibility of P. alcaliphila biofilm to 22 toxic compounds. For each compound the concentration level that significantly lowered the metabolic activity of the biofilm was identified. Chemical sensitivity analysis of the planktonic culture was also performed, allowing comparison of the metabolic susceptibility patterns of biofilm and planktonic cultures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».