Response to Yang-Yen: Does N-terminal Processing of Mcl-1 Occur at Mitochondrial Outer Membrane or Matrix?
Notice bibliographique
Résumé
Does N-terminal Processing of Mcl-1 Occur at Mitochondrial Outer Membrane or Matrix?Journal of Biological ChemistryVol. 286Issue 30PreviewWarr et al. (1) concluded in their paper that the Mcl-1ΔN isoform resides in the mitochondrial outer membrane. The major problem with this conclusion is that the controls for all three experiments attempting to address this issue (Fig. 2) were not handled properly, i.e. all controls for assigning the submitochondrial location of Mcl-1ΔN clearly were done in a separate experiment. For example, in Fig. 2A, Western blots for Tom20 and cytochrome c were not from the same samples analyzed for Mcl-1; in Fig. Full-Text PDF Open Access This is a response to a letter by Yang-Yen (1Yang-Yen H.-F. J. Biol. Chem. 2011; (http://www.jbc.org/cgi/content/full/286/30/le15)PubMed Google Scholar) As Hsin-Fang Yang-Yen points out, processing of Mcl-1 to Mcl-1ΔN depends on the electrochemical potential (Δψ) across the mitochondrial inner membrane. Despite the fact that Mcl-1 is an outer membrane protein, targeted and inserted into this location via its transmembrane segment, the Δψ requirement suggests the possibility of import to the inner membrane or matrix. Nevertheless, as we discussed in our article other possibilities exist to explain the requirement for Δψ. Uniquely, Mcl-1 has a long flexible N-terminal region (2Liu Q. Gehring K. J. Biol. Chem. 2010; 285: 41202-41210Abstract Full Text Full Text PDF PubMed Scopus (14) Google Scholar), which could potentially gain (reversible) Δψ-dependent access to processing machinery inside the organelle while anchored via its transmembrane (TM) at the outer membrane. Another possibility is that Δψ at the inner membrane influences events at the outer membrane. For example, loss of Δψ converts Pink1 from a fate of degradation at the inner membrane to a location at the outer membrane, where it can influence mitophagy (3Jin S.M. Lazarou M. Wang C. Kane L.A. Narendra D.P. Youle R.J. J. Cell Biol. 2010; 191: 933-942Crossref PubMed Scopus (908) Google Scholar). Given these possibilities, we elected to rigorously examine the mitochondrial location(s) of Mcl-1 and Mcl-1ΔN utilizing multiple approaches and focusing on the endogenous proteins as opposed to ectopically expressed mutants and constructs. The results consistently indicated that both Mcl-1 and Mcl-1ΔN are located in the outer membrane. In the individual experiments referred to by Hsin-Fang Yang-Yen, they were each conducted on the same cell culture samples and cell extracts within the same experiment. However, because we were measuring small changes in the migration behavior of the test proteins, gel systems needed to be optimized for each protein. Thus, for example, Mcl-1 isoforms were resolved on one gel system whereas Bak and modified Bak were analyzed on a different system. Had they been analyzed on the same gel, erroneous interpretations would have resulted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,026 | 0,036 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».