Rapid divergence of codon usage patterns within the rice genome
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Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Synonymous codon usage varies widely between genomes, and also between genes within genomes. Although there is now a large body of data on variations in codon usage, it is still not clear if the observed patterns reflect the effects of positive Darwinian selection acting at the level of translational efficiency or whether these patterns are due simply to the effects of mutational bias. In this study, we have included both intra-genomic and inter-genomic comparisons of codon usage. This allows us to distinguish more efficiently between the effects of nucleotide bias and translational selection. RESULTS: We show that there is an extreme degree of heterogeneity in codon usage patterns within the rice genome, and that this heterogeneity is highly correlated with differences in nucleotide content (particularly GC content) between the genes. In contrast to the situation observed within the rice genome, Arabidopsis genes show relatively little variation in both codon usage and nucleotide content. By exploiting a combination of intra-genomic and inter-genomic comparisons, we provide evidence that the differences in codon usage among the rice genes reflect a relatively rapid evolutionary increase in the GC content of some rice genes. We also noted that the degree of codon bias was negatively correlated with gene length. CONCLUSION: Our results show that mutational bias can cause a dramatic evolutionary divergence in codon usage patterns within a period of approximately two hundred million years. The heterogeneity of codon usage patterns within the rice genome can be explained by a balance between genome-wide mutational biases and negative selection against these biased mutations. The strength of the negative selection is proportional to the length of the coding sequences. Our results indicate that the large variations in synonymous codon usage are not related to selection acting on the translational efficiency of synonymous codons.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle