BR-squared: a practical solution to the winner’s curse in genome-wide scans
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The detrimental effects of the winner's curse, including overestimation of the genetic effects of associated variants and underestimation of sufficient sample sizes for replication studies are well-recognized in genome-wide association studies (GWAS). These effects can be expected to worsen as the field moves from GWAS into whole genome sequencing. To date, few studies have reported statistical adjustments to the naive estimates, due to the lack of suitable statistical methods and computational tools. We have developed an efficient genome-wide non-parametric method that explicitly accounts for the threshold, ranking, and allele frequency effects in whole genome scans. Here, we implement the method to provide bias-reduced estimates via bootstrap re-sampling (BR-squared) for association studies of both disease status and quantitative traits, and we report the results of applying BR-squared to GWAS of psoriasis and HbA1c. We observed over 50% reduction in the genetic effect size estimation for many associated SNPs. This translates into a greater than fourfold increase in sample size requirements for successful replication studies, which in part explains some of the apparent failures in replicating the original signals. Our analysis suggests that adjusting for the winner's curse is critical for interpreting findings from whole genome scans and planning replication and meta-GWAS studies, as well as in attempts to translate findings into the clinical setting.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle