Distinct histone modifications in stem cell lines and tissue lineages from the early mouse embryo
Notice bibliographique
Résumé
A unique property of the mammalian embryo is that stem cells can be derived from its early tissue lineages. These lineages will give rise to the fetus as well as essential extraembryonic tissues. Understanding how chromatin regulation participates in establishment of these lineages in the embryo and their derived stem cells provides insight that will critically inform our understanding of embryogenesis and stem cell biology. Here, we compare the genomewide location of active and repressive histone modifications in embryonic stem cells, trophoblast stem cells, and extraembryonic endoderm stem cells from the mouse. Our results show that the active modification H3K4me3 has a similar role in the three stem cell types, but the repressive modification H3K27me3 varies in abundance and genomewide distribution. Thus, alternative mechanisms mediate transcriptional repression in stem cells from the embryo. In addition, using carrier chromatin immunoprecipitation we show that bivalent histone domains seen in embryonic stem cells exist in pluripotent cells of the early embryo. However, the epigenetic status of extraembryonic progenitor cells in the embryo did not entirely reflect the extraembryonic stem cell lines. These studies indicate that histone modification mechanisms may differ between early embryo lineages and emphasize the importance of examining in vivo and in vitro progenitor cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».