Subsite structure of the endo-type chitin deacetylase from a Deuteromycete, Colletotrichum lindemuthianum: an investigation using steady-state kinetic analysis and MS
Notice bibliographique
Résumé
The endo-type chitin deacetylase (EC 3.5.1.41) from a deuteromycete, Colletotrichum lindemuthianum (ATCC 56676), catalyses the hydrolysis of the acetamido group of GlcNAc (2-acetamido-2-deoxy-D-glucose) residues in chitin or chito-oligosaccharides with a degree of polymerization (n) equal to or greater than 2. The steady-state kinetic parameters for the initial deacetylation reactions of (GlcNAc)(2-6) were determined using a direct, continuous spectrophotometric assay in combination with ESI-MS (electrospray ionization MS) analysis of the products. The dependence of the observed K(m) and k(cat)/K(m) on n suggests the presence of four enzyme subsites (-2, -1, 0 and +1) that interact with GlcNAc residues from the non-reducing end to the reducing end of the substrate. The turnover number (k (cat), 7 s(-1)) is independent of n and represents the intrinsic rate constant (k(int)) for the hydrolysis of the acetamido group in subsite 0. The subsite affinities for the GlcNAc residues were calculated from the observed k(cat)/K(m) values (A (-2), -11.0; A (-1), -1.5; A (0), -7.7; A (+1), -12.5 kJ x mol(-1)). The increments in the subsite affinities due to the recognition of the acetamido groups were calculated [DeltaDelta G ((N-acetyl))=3.3, 0, 4.0 and 0 kJ x mol(-1) for subsites -2, -1, 0 and +1 respectively]. The steady-state kinetic parameters for the second deacetylation reaction of (GlcNAc)(4) were also determined using (GlcNAcGlcNAcGlcNGlcNAc) as the substrate. The comparison of the experimental and theoretical values (calculated using the subsite affinities) suggests that the mono-deacetylated substrate binds strongly in a non-productive mode occupying all four subsites, thereby inhibiting the second deacetylation reaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».