Over-Expression of Either MECP2_e1 or MECP2_e2 in Neuronally Differentiated Cells Results in Different Patterns of Gene Expression
Notice bibliographique
Résumé
Mutations in MECP2 are responsible for the majority of Rett syndrome cases. MECP2 is a regulator of transcription, and has two isoforms, MECP2_e1 and MECP2_e2. There is accumulating evidence that MECP2_e1 is the etiologically relevant variant for Rett. In this study we aim to detect genes that are differentially transcribed in neuronal cells over-expressing either of these two MECP2 isoforms. The human neuroblastoma cell line SK-N-SH was stably infected by lentiviral vectors over-expressing MECP2_e1, MECP2_e2, or eGFP, and were then differentiated into neurons. The same lentiviral constructs were also used to infect mouse Mecp2 knockout (Mecp2(tm1.1Bird)) fibroblasts. RNA from these cells was used for microarray gene expression analysis. For the human neuronal cells, ∼ 800 genes showed >three-fold change in expression level with the MECP2_e1 construct, and ∼ 230 with MECP2_e2 (unpaired t-test, uncorrected p value <0.05). We used quantitative RT-PCR to verify microarray results for 41 of these genes. We found significant up-regulation of several genes resulting from over-expression of MECP2_e1 including SRPX2, NAV3, NPY1R, SYN3, and SEMA3D. DOCK8 was shown via microarray and qRT-PCR to be upregulated in both SK-N-SH cells and mouse fibroblasts. Both isoforms up-regulated GABRA2, KCNA1, FOXG1 and FOXP2. Down-regulation of expression in the presence of MECP2_e1 was seen with UNC5C and RPH3A. Understanding the biology of these differentially transcribed genes and their role in neurodevelopment may help us to understand the relative functions of the two MECP2 isoforms, and ultimately develop a better understanding of RTT etiology and determine the clinical relevance of isoform-specific mutations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».