Mechanism of Nucleic Acid Unwinding by SARS-CoV Helicase
Notice bibliographique
Résumé
The non-structural protein 13 (nsp13) of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus (SARS-CoV) is a helicase that separates double-stranded RNA (dsRNA) or DNA (dsDNA) with a 5' → 3' polarity, using the energy of nucleotide hydrolysis. We determined the minimal mechanism of helicase function by nsp13. We showed a clear unwinding lag with increasing length of the double-stranded region of the nucleic acid, suggesting the presence of intermediates in the unwinding process. To elucidate the nature of the intermediates we carried out transient kinetic analysis of the nsp13 helicase activity. We demonstrated that the enzyme unwinds nucleic acid in discrete steps of 9.3 base-pairs (bp) each, with a catalytic rate of 30 steps per second. Therefore the net unwinding rate is ~280 base-pairs per second. We also showed that nsp12, the SARS-CoV RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), enhances (2-fold) the catalytic efficiency of nsp13 by increasing the step size of nucleic acid (RNA/RNA or DNA/DNA) unwinding. This effect is specific for SARS-CoV nsp12, as no change in nsp13 activity was observed when foot-and-mouth-disease virus RdRp was used in place of nsp12. Our data provide experimental evidence that nsp13 and nsp12 can function in a concerted manner to improve the efficiency of viral replication and enhance our understanding of nsp13 function during SARS-CoV RNA synthesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».