Unifying concept of DNA repair: The polymerase scanning hypothesis
Notice bibliographique
Résumé
According to a series of experiments on untransformed mouse embryonic fibroblasts, quiescent mouse cells lack global genomic repair (GGR) of premutagenic DNA damage. The gene used to assess mutation and premutagenic DNA damage was the lacI transgene incorporated permanently in the DNA in a lambda shuttle vector. The transgene lacks mammalian transcription signals and thus is unexpressed in the cells. Although the cells conducted transcription-coupled repair (TCR) of UV damage, the transgene was not repaired over a 4-day interval. These cells are not terminally differentiated and can readily be induced to resume cellular division. In this article, we discuss the interpretation of these results and suggest a new hypothesis for DNA scanning, the mechanism by which cells discover DNA damage and initiate DNA repair. Our hypothesis, which we call the polymerase scanning hypothesis, is that GGR is initiated in very much the same way as TCR, by a polymerase complex encountering the damage. We call the two together polymerase-coupled repair (PC repair). In the case of GGR, it would be the DNA replication complex during the S-phase. This is, we suggest, the dominant mechanism of repair of DNA at low doses for untranscribed genes. Evidence contrary to this hypothesis exists, which we discuss, but it should be noted that existing hypotheses about DNA scanning and DNA repair cannot account for the results that we have obtained.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,008 |
| Communication savante | 0,002 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».