Analysis of the Rana catesbeiana tadpole tail fin proteome and phosphoproteome during T3-induced apoptosis: identification of a novel type I keratin
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Thyroid hormones (THs) are vital in the maintenance of homeostasis and in the control of development. One postembryonic developmental process that is principally regulated by THs is amphibian metamorphosis. This process has been intensively studied at the genomic level yet very little information at the proteomic level exists. In addition, there is increasing evidence that changes in the phosphoproteome influence TH action. RESULTS: Here we identify components of the proteome and phosphoproteome in the tail fin that changed within 48 h of exposure of premetamorphic Rana catesbeiana tadpoles to 10 nM 3,5,3'-triiodothyronine (T3). To this end, we developed a cell and protein fractionation method combined with two-dimensional gel electrophoresis and phosphoprotein-specific staining. Altered proteins were identified using mass spectrometry (MS). We identified and cloned a novel Rana larval type I keratin, RLK I, which may be a target for caspase-mediated proteolysis upon exposure to T3. In addition, the RLK I transcript is reduced during T3-induced and natural metamorphosis which is consistent with a larval keratin. Furthermore, GILT, a protein involved in the immune system, is changed in phosphorylation state which is linked to its activation. Using a complementary MS technique for the analysis of differentially-expressed proteins, isobaric tags for relative and absolute quantitation (iTRAQ) revealed 15 additional proteins whose levels were altered upon T3 treatment. The success of identifying proteins whose levels changed upon T3 treatment with iTRAQ was enhanced through de novo sequencing of MS data and homology database searching. These proteins are involved in apoptosis, extracellular matrix structure, immune system, metabolism, mechanical function, and oxygen transport. CONCLUSION: We have demonstrated the ability to derive proteomics-based information from a model species for postembryonic development for which no genome information is currently available. The present study identifies proteins whose levels and/or phosphorylation states are altered within 48 h of the induction of tadpole tail regression prior to overt remodeling of the tail. In particular, we have identified a novel keratin that is a target for T3-mediated changes in the tail that can serve as an indicator of early response to this hormone.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle