TopFIND 2.0--linking protein termini with proteolytic processing and modifications altering protein function
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Protein termini provide critical insights into the functional state of individual proteins. With recent advances in specific proteomics approaches to enrich for N- and C-terminomes, the global analysis of whole terminomes at a proteome-wide scale is now possible. Information on the actual N- and C-termini of proteins in vivo and any post-translational modifications, including their generation by proteolytic processing, is rapidly accumulating. To access this information we present version 2.0 of TopFIND (http://clipserve.clip.ubc.ca/topfind), a knowledgebase for protein termini, terminus modifications and underlying proteolytic processing. Built on a protein-centric framework TopFIND covers five species: Homo sapiens, Mus musculus, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae and Escherichia coli and incorporates information from curated community submissions, publications, UniProtKB and MEROPS. Emphasis is placed on the detailed description and classification of evidence supporting the reported identification of each cleavage site, terminus and modification. A suite of filters can be applied to select supporting evidence. A dynamic network representation of the relationship between proteases, their substrates and inhibitors as well as visualization of protease cleavage site specificities complements the information displayed. Hence, TopFIND supports in depth investigation of protein termini information to spark new hypotheses on protein function by correlating cleavage events and termini with protein domains and mutations.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle