Residues Contributing to the Ca2+ and K+ Binding Pocket of the NCKX2 Na+/Ca2+-K+ Exchanger
Notice bibliographique
Résumé
The Na(+)/Ca(2+)-K(+) exchanger (NCKX) extrudes Ca(2+) from cells utilizing both the inward Na(+) gradient and the outward K(+) gradient. NCKX is thought to operate by a consecutive mechanism in which a cation binding pocket accommodates both Ca(2+) and K(+) and alternates between inward and outward facing conformations. Here we developed a simple fluorometric method to analyze changes in K(+) and Ca(2+) dependences of mutant NCKX2 proteins in which candidate residues within membrane-spanning domains were substituted. The largest shifts in both K(+) and Ca(2+) dependences compared with wild-type NCKX2 were observed for the charge-conservative substitutions of Glu(188) and Asp(548), whereas the size-conservative substitutions resulted in nonfunctional proteins. Substitution of several other residues including two proline residues (Pro(187) and Pro(547)), three additional acidic residues (Asp(258), Glu(265), Glu(533)), and two hydroxyl-containing residues (Ser(185) and Ser(545)) showed smaller shifts, but shifts in Ca(2+) dependence were invariably accompanied by shifts in K(+) dependence. We conclude that Glu(188) and Asp(548) are the central residues of a single cation binding pocket that can accommodate both K(+) and Ca(2+). Furthermore, a single set of residues lines a transport pathway for both K(+) and Ca(2+).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».