Complete Kinetic Mechanism of Homoisocitrate Dehydrogenase from <i>Saccharomyces cerevisiae</i>
Notice bibliographique
Résumé
The kinetic mechanism of homoisocitrate dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae was determined using initial velocity studies in the absence and presence of product and dead end inhibitors in both reaction directions. Data suggest a steady state random kinetic mechanism. The dissociation constant of the Mg-homoisocitrate complex (MgHIc) was estimated to be 11 +/- 2 mM as measured using Mg2+ as a shift reagent. Initial velocity data indicate the MgHIc complex is the reactant in the direction of oxidative decarboxylation, while in the reverse reaction direction, the enzyme likely binds uncomplexed Mg2+ and alpha-ketoadipate. Curvature is observed in the double-reciprocal plots for product inhibition by NADH and the dead-end inhibition by 3-acetylpyridine adenine dinucleotide phosphate when MgHIc is the varied substrate. At low concentrations of MgHIc, the inhibition by both nucleotides is competitive, but as the MgHIc concentration increases, the inhibition changes to uncompetitive, consistent with a steady state random mechanism with preferred binding of MgHIc before NAD. Release of product is preferred and ordered with respect to CO2, alpha-ketoadipate, and NADH. Isocitrate is a slow substrate with a rate (V/E(t)) 216-fold slower than that measured with HIc. In contrast to HIc, the uncomplexed form of isocitrate and Mg2+ bind to the enzyme. The kinetic mechanism in the direction of oxidative decarboxylation of isocitrate, on the basis of initial velocity studies in the absence and presence of dead-end inhibitors, suggests random addition of NAD and isocitrate with Mg2+ binding before isocitrate in rapid equilibrium, and the mechanism approximates rapid equilibrium random. The Keq for the overall reaction measured directly using the change in NADH as a probe is 0.45 M.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».