Abstract 544: Recurrent DICER1 hotspot mutations in endometrial cancer and their impact on microRNA biogenesis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Alternation in genes associated with microRNA (miRNA) biogenesis pathway may lead to miRNA dysregulation, and is implicated in a variety of human malignancies. Previously our group identified recurrent somatic “hotspot” mutations (E1705, D1709, D1810, E1813) in a critical miRNA-processing gene, DICER1, in rare sex cord-stromal tumors. During miRNA biogenesis, the two RNase III domains of DICER1 form an intramolecular dimer, which leads to the cleavage of the precursor miRNA (pre-miRNA) hairpin and generate mature 5p and 3p miRNAs from 5’ and 3’ arms of the precursor hairpin respectively. Studies have shown that the hotspot mutations in the RNase IIIb metal binding domain could impair DICER1's ability to generate mature 5p miRNAs, leading to global loss of 5p miRNAs. Recently, in collaboration with The Cancer Genome Atlas (TCGA), we identified DICER1 hotspot mutations in a small subset of endometrial cancer from TCGA cohort (6/248) as well as our own tumor bank (6/307), suggesting disruption of DICER1 is implicated in a common malignancy. We also found an additional recurrent mutation G1809R and demonstrated that it has similar detrimental effects on miRNA biogenesis as hotspot mutations through deep sequencing and realtime PCR. Using Illumina Miseq targeted resequencing and Sanger sequencing, we observed biallelic DICER1 mutations in RNase IIIb domain in some but not all cases. miRNA deep sequencing confirmed that 5p miRNAs are decreased in both cell line models and endometrial tumors with hotspot mutations. Bioinformatic analysis of RNA sequencing profiles from TCGA dataset predicted hotspot DICER1 mutations to have greater functional impact than non-hotspot DICER1 mutations on gene expression. The oncogenic properties of DICER1 hotspot mutations are currently under investigation. Citation Format: Jiamin Chen, Yemin Wang, Melissa McConechy, Michael Anglesio, Janine Senz, Winnie Yang, Jamie Rosner, Andy Chu, Grace Cheng, Gregg Morin, David Huntsman. Recurrent DICER1 hotspot mutations in endometrial cancer and their impact on microRNA biogenesis. [abstract]. In: Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 544. doi:10.1158/1538-7445.AM2014-544
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».