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Enregistrement W1996058708 · doi:10.1186/s12862-015-0311-7

Phylogeny of Salix subgenus Salix s.l. (Salicaceae): delimitation, biogeography, and reticulate evolution

2015· article· en· W1996058708 sur OpenAlexaff
Jie Wu, Tommi Nyman, George W. Argus, Yongping Yang, Jiahui Chen

Notice bibliographique

RevueBMC Evolutionary Biology · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueBioenergy crop production and management
Établissements canadiensCanadian Museum of Nature
Organismes subventionnairesKunming Institute of Botany, Chinese Academy of SciencesYouth Innovation Promotion Association of the Chinese Academy of SciencesNational Natural Science Foundation of ChinaYouth Innovation Promotion AssociationHarvard University
Mots-clésSubgenusBiologyMonophylyBotanyReticulate evolutionCladePhylogeneticsPolyphylyReticulateTaxonomy (biology)Evolutionary biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The taxonomy and systematics of Salix subgenus Salix s.l. is difficult. The reliability and evolutionary implications of two important morphological characters (number of stamens, and morphology of bud scales) used in subgeneric classification within Salix remain untested, and a disjunct Old-New World distribution pattern of a main clade of subgenus Salix s.l., revealed by a previous study, lacks a reasonable explanation. To study these questions, we conducted phylogenetic analyses based on 4,688 bp of sequence data from four plastid (rbcL, trnD-T, matK, and atpB-rbcL) and two nuclear markers (ETS and ITS) covering all subgenera of Salix, and all sections of subgenus Salix s.l. RESULTS: Subgenus Salix came out as para- or polyphyletic in both nrDNA and plastid trees. The plastid phylogeny successfully resolved relationships among the major clades of Salix, but resolution within subgenus Salix s.l. remained low. Nevertheless, three monophyletic groups were identifiable in subgenus Salix s.l.: the 'main clade' of subgenus Salix s.l., with New and Old World species being reciprocally monophyletic; the section Triandroides clade; and the subgenus Pleuradenia clade. While nrDNA regions showed higher resolution within subgenus Salix s.l., they failed to resolve subgeneric relationships. Extensive, statistically significant gene-tree incongruence was detected across nrDNA-plastid as well as nrDNA ETS-ITS phylogenies, suggesting reticulate evolution or hybridization within the group. The results were supported by network analyses. Ancestral-state reconstructions indicated that multiple stamens and free bud scales represent the plesiomorphic states within Salix, and that several significant shifts in stamen number and bud scale morphology have occurred. CONCLUSIONS: Subgenus Salix s.l. is not monophyletic, and the evolutionary history of the subgenus has involved multiple reticulation events that may mainly be due to hybridization. The delimitation of subgenus Salix s.l. should be redefined by excluding section Triandrae and subgenus Pleuradenia from it. The evolutionary lability of bud-scale morphology and stamen number means that these characters are unreliable bases for classification. The disjunct Old-New World distribution of subgenus Salix s.l. appears to be linked to the profound climatic cooling during the Tertiary, which cut off gene exchange between New and Old World lineages.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,228
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations116
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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