Abstract A79: Mouse models of breast cancer identify oncogene-associated stroma subtypes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Breast Cancer is a highly heterogeneous disease involving complex crosstalk between tumor cells and their surrounding microenvironment (stroma). Previous work in our lab utilized laser capture microdissection and gene expression analysis to separate Breast Cancer stromal samples into distinct subtypes. Although this and other data demonstrate the importance of the stroma in tumor progression, the cause of these stromal changes are still poorly understood. We hypothesize that changes within stroma are related to individual oncogenic events within the tumor epithelium. Analyzing human data does not allow us to draw causative conclusions due to the presence of compounding factors such as genetic variance and living conditions. In an attempt to circumvent this challenge we used transgenic mouse models of breast cancer in the same strain of mice (FVB) with oncogenes driven by a mammary specific promoter (MMTV). By keeping these variables constant and only varying the oncogene: using either Neu-NDL-2-5, PyVMT or Wnt1 - allowed us to test the aforementioned hypothesis. Class discovery and distinction confirmed that the epithelial and stromal samples from each mouse model were distinct, which validated our hypothesis. Pathway analysis of the genes that distinguish the stroma of the mouse models identifies genes linked to recruitment and activation of different stromal cells. Interestingly our findings corroborate with results from other labs using these mouse models. Citation Format: Sadiq M. Saleh, Paul Savage, Julie Laferrière, Sean Cory, Nicholas Bertos, Margarita Souleimanova, Hong Zhao, Eldad Zacksenhaus, William Muller, Michael Hallett, Morag Park. Mouse models of breast cancer identify oncogene-associated stroma subtypes. [abstract]. In: Abstracts: AACR Special Conference on Cellular Heterogeneity in the Tumor Microenvironment; 2014 Feb 26-Mar 1; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2015;75(1 Suppl):Abstract nr A79. doi:10.1158/1538-7445.CHTME14-A79
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,016 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».