Structure of CbpA J-Domain Bound to the Regulatory Protein CbpM Explains Its Specificity and Suggests Evolutionary Link between CbpM and Transcriptional Regulators
Notice bibliographique
Résumé
CbpA is one of the six E. coli DnaJ/Hsp40 homologues of DnaK co-chaperones and the only one that is additionally regulated by a small protein CbpM, conserved in γ-proteobacteria. CbpM inhibits the co-chaperone and DNA binding activities of CbpA. This regulatory function of CbpM is accomplished through reversible interaction with the N-terminal J-domain of CbpA, which is essential for the interaction with DnaK. CbpM is highly specific for CbpA and does not bind DnaJ despite the high degree of structural and functional similarity between the J-domains of CbpA and DnaJ. Here we report the crystal structure of the complex of CbpM with the J-domain of CbpA. CbpM forms dimers and the J-domain of CbpA interacts with both CbpM subunits. The CbpM-binding surface of CbpA is highly overlapping with the CbpA interface for DnaK, providing a competitive model for regulation through forming mutually exclusive complexes. The structure also provides the explanation for the strict specificity of CbpM for CbpA, which we confirmed by making mutants of DnaJ that became regulated by CbpM. Interestingly, the structure of CbpM reveals a striking similarity to members of the MerR family of transcriptional regulators, suggesting an evolutionary connection between the functionally distinct bacterial co-chaperone regulator CbpM and the transcription regulator HspR.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».