Ligand‐induced dimer formation of calmodulin
Notice bibliographique
Résumé
Calmodulin (CaM) can bind to numerous proteins in several interaction modes. Recently a new mode of interaction was discovered, in which two CaM molecules form an X-shaped dimer and two binding sites to trap the CaM-binding domain (CBD) of calcineurin subunit A. However, the X-shaped CaM dimer alone without ligand has not been observed. We performed molecular dynamics (MD) simulations and used MM_PBSA approach to investigate the properties of this new binding mode using ligand-bound and -free dimer systems. MD trajectories show that two peptides of CBD play a critical role in stabilizing the X-shaped conformation of the CaM dimer which would otherwise be unstable, leading to dimer disassembly in the absence of the ligands. Furthermore, we have analyzed the interaction free energy of the complex by MM-PBSA method and provide further evidence to demonstrate that the CBD peptide ligands are responsible for the stabilization of the dimer. Comparing this new binding mode with the classical one represented by CaM in complex with smooth muscle myosin light chain kinase, we conclude that this new binding mode is induced by the CBD of calcineurin subunit A. Our results explain the fact that the X-shaped CaM dimer structure has never been observed in the absence of ligands.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».