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Enregistrement W1996755052 · doi:10.3109/01677063.2013.831094

Late-Onset Sacsinopathy Diagnosed by Exome Sequencing and Comparative Genomic Hybridization

2013· article· en· W1996755052 sur OpenAlexaboutno aff
Angela Pyle, Helen Griffin, Jennifer Duff, Shona Bennett, Simon Zwolinski, Tania Smertenko, Patrick Yu-Wai Man, Mauro Santibanez‐Koref, Rita Horváth, Patrick F. Chinnery

Notice bibliographique

RevueJournal of Neurogenetics · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueGenetic Neurodegenerative Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchWellcome Trust
Mots-clésComparative genomic hybridizationExome sequencingGeneticsAtaxiaBiologyMutationCerebellar ataxiaExomeChromosomeGeneNeuroscience

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The molecular diagnosis of adult-onset autosomal recessive cerebellar ataxias remains challenging because of genetic heterogeneity. However, recently developed molecular genetic techniques will potentially revolutionize the diagnostic approach. Here we set out to define the genetic basis of the ataxia in two brothers with no molecular diagnosis. Clinical evaluation was followed by whole-exome second-generation sequencing and comparative genomic hybridization to determine the diagnosis. Whole-exome sequencing identified a hemizygous novel spastic ataxia of Charlevoix-Saguenay (SACS) stop-codon mutation in both brothers (c.13048G→T, p.E4350*) that was present in the mother, but not the father. Comparative genomic hybridization revealed a 0.7-Mb deletion on chromosome 13q12.12 in both brothers, which included SACS and was heterozygous in the asymptomatic father. The milder phenotype, caused by a whole-gene deletion and a stop-codon mutation in SACS, indicates a loss-of-function mechanism in late-onset autosomal recessive spastic ataxia of Charlevoix-Saguenay (ARSACS), and illustrates the importance of chromosomal rearrangements in the investigation of adult-onset ataxia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,052
Tête enseignante GPT0,263
Écart entre enseignants0,211 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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