Karyotyping in Melon (Cucumis melo L.) by Cross-Species Fosmid Fluorescence in situ Hybridization
Notice bibliographique
Résumé
Chromosome identification is critical for cytogenetic research and will accelerate studies on genetic variation and breeding, especially for those species with relatively little sequence information. So far, no reliable cytological landmarks have been developed to distinguish individual chromosomes in melon. In this study, using FISH (fluorescence in situ hybridization) combined with comparative genome information, we selected 21 cucumber fosmids anchored by SSR markers as chromosome-specific cytological markers for melon chromosomes. Moreover, with the help of melon centromeric satellite DNA repeats CentM, 45S rDNA and 5S rDNA, sequential FISH with 3 sets of multi-fosmid cocktails were conducted on the same metaphase cell, which allowed us to simultaneously identify each of the 12 metaphase chromosomes of melon and a standardized melon karyotype of somatic metaphase chromosomes was constructed. Finally, we compared the distribution of 21 FISH-mapped fosmids between melon and cucumber chromosomes, which allows a better understanding of the evolutionary process shaping these 2 species. Our study provides a basis for cytological characterization of the melon genome and comparative genomics of Cucurbitaceae.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».