Identification of Specific Cucumber Necrosis Virus Coat Protein Amino Acids Affecting Fungus Transmission and Zoospore Attachment
Notice bibliographique
Résumé
Cucumber necrosis virus (CNV) is naturally transmitted in the soil by zoospores of the fungal vector Olpidium bornovanus. Successful transmission requires that virus particles attach to the surface of zoospores prior to zoospore encystment on host roots. Mechanically passaged CNV was screened for mutants deficient in fungus transmission. We found six such mutants, exhibiting transmission efficiencies ranging from approximately 14 to 76% of that of wild-type (WT) CNV. Results of in vitro virus-zoospore binding assays show that each mutant binds to zoospores less efficiently than WT CNV (21 to 68%), suggesting that defects in transmission for these mutants are at least partially due to inefficient zoospore binding. Analysis of the structure of the CNV coat protein subunit and trimer indicates that affected amino acids in all of the mutants are located in the shell or protruding domain and that five of six of them are potentially exposed on the surface of the virus particle. In addition, several of the mutated sites, along with a previously identified site in a region of subunit-subunit interaction in the coat protein shell domain (M. A. Robbins, R. D. Reade, and D. M. Rochon, Virology 234:138-146, 1997), are located on the particle quasi-threefold axis, suggesting that this region of the capsid may be important in recognition of a putative zoospore receptor. The individual sites may directly affect attachment to a receptor or could indirectly affect attachment via changes in virion conformation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».