Probing nascent structures in peptides using natural abundance <sup>13</sup>C NMR relaxation and reduced spectral density mapping
Notice bibliographique
Résumé
The main chain motional properties for a series of peptides that appear to have preferred conformations in solution have been systematically studied using solution-state nuclear magnetic resonance spectroscopy. The series of peptides were derived from the N-termini of pro-inflammatory chemokine proteins and HoxB1, a transcriptional regulator. As an unstructured control, a ten residue peptide was designed, synthesized, and found to be minimally structured from solution NMR data. The dynamic properties of the main chain for the peptides were assessed through longitudinal and transverse main chain (13)Calpha relaxation rates and the heteronuclear nuclear Overhauser effect. Motional parameters were interpreted using reduced spectral density mapping and compared with those derived from an extended Lipari-Szabo model in which the rotational correlation time was calculated for each main chain site of the peptide. Comparison of spectral density and Lipari-Szabo analyses for the peptides to those of the unstructured control peptide reveals significant differences in the dynamic behavior of the peptides. The amplitude of picosecond to nanosecond timescale motions for the main chain is observed to decrease for all of the chemokine peptides and HoxB1 over the regions that show partial structure at low temperatures. Comparatively, changes in picosecond to nanosecond timescale motions for the unstructured control peptide show no correlation with sequence position. These results indicate that there are distinguishable low temperature motional differences between an intrinsically unstructured peptide and peptides that have an inherent propensity to structure.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».