Visualization of the type III secretion sorting platform of <i>Shigella flexneri</i>
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial type III secretion machines are widely used to inject virulence proteins into eukaryotic host cells. These secretion machines are evolutionarily related to bacterial flagella and consist of a large cytoplasmic complex, a transmembrane basal body, and an extracellular needle. The cytoplasmic complex forms a sorting platform essential for effector selection and needle assembly, but it remains largely uncharacterized. Here we use high-throughput cryoelectron tomography (cryo-ET) to visualize intact machines in a virulent Shigella flexneri strain genetically modified to produce minicells capable of interaction with host cells. A high-resolution in situ structure of the intact machine determined by subtomogram averaging reveals the cytoplasmic sorting platform, which consists of a central hub and six spokes, with a pod-like structure at the terminus of each spoke. Molecular modeling of wild-type and mutant machines allowed us to propose a model of the sorting platform in which the hub consists mainly of a hexamer of the Spa47 ATPase, whereas the MxiN protein comprises the spokes and the Spa33 protein forms the pods. Multiple contacts among those components are essential to align the Spa47 ATPase with the central channel of the MxiA protein export gate to form a unique nanomachine. The molecular architecture of the Shigella type III secretion machine and its sorting platform provide the structural foundation for further dissecting the mechanisms underlying type III secretion and pathogenesis and also highlight the major structural distinctions from bacterial flagella.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».