Crystal structures from the Plasmodium peroxiredoxins: new insights into oligomerization and product binding
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Plasmodium falciparum is the protozoan parasite primarily responsible for more than one million malarial deaths, annually, and is developing resistance to current therapies. Throughout its lifespan, the parasite is subjected to oxidative attack, so Plasmodium antioxidant defences are essential for its survival and are targets for disease control. RESULTS: To further understand the molecular aspects of the Plasmodium redox system, we solved 4 structures of Plasmodium peroxiredoxins (Prx). Our study has confirmed PvTrx-Px1 to be a hydrogen peroxide (H2O2)-sensitive peroxiredoxin. We have identified and characterized the novel toroid octameric oligomer of PyTrx-Px1, which may be attributed to the interplay of several factors including: (1) the orientation of the conserved surface/buried arginine of the NNLA(I/L)GRS-loop; and (2) the C-terminal tail positioning (also associated with the aforementioned conserved loop) which facilitates the intermolecular hydrogen bond between dimers (in an A-C fashion). In addition, a notable feature of the disulfide bonds in some of the Prx crystal structures is discussed. Finally, insight into the latter stages of the peroxiredoxin reaction coordinate is gained. Our structure of PyPrx6 is not only in the sulfinic acid (RSO2H) form, but it is also with glycerol bound in a way (not previously observed) indicative of product binding. CONCLUSIONS: The structural characterization of Plasmodium peroxiredoxins provided herein provides insight into their oligomerization and product binding which may facilitate the targeting of these antioxidant defences. Although the structural basis for the octameric oligomerization is further understood, the results yield more questions about the biological implications of the peroxiredoxin oligomerization, as multiple toroid configurations are now known. The crystal structure depicting the product bound active site gives insight into the overoxidation of the active site and allows further characterization of the leaving group chemistry.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».