Quantitative Polymerase Chain Reaction Assay Used to Measure the Prevalence of <i>Clostridium botulinum</i> type E in Fish in the Lower Great Lakes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A quantitative polymerase chain reaction (QPCR) assay for the type E Clostridium botulinum toxin gene was developed and used in a survey of apparently healthy, moribund, and freshly dead fish from the lower Great Lakes. The focus was on species that had died in recent fish kills, such as freshwater drum Aplodinotus grunniens, smallmouth bass Micropterus dolomieu, and round goby Neogobius melanostomus. Samples of these species were obtained during scheduled collections and during die-offs. A 139-base-pair fragment of DNA, located near the junction of the light and heavy chains of the type E toxin gene, was cloned for the real-time assay and was used as a standard to quantify the number of C. botulinum type E bacteria present in the liver and intestinal content samples tested. Samples that tested positive for C. botulinum type E were then assayed for toxin by the traditional house mouse Mus musculus bioassay and with a botulinum toxin rapid detection kit designed for qualitative environmental screening. We tested a total of 736 fish from Lakes Erie and Ontario during 2002, and 678 fish were tested in 2003. This work has demonstrated the presence of the type E C. botulinum toxin gene and, by inference, the presence of vegetative cells in dying freshwater drum, apparently healthy smallmouth bass and round goby, and a dead lake sturgeon Acipenser fulvescens. The freshwater drum were found either in a moribund condition with signs of botulism or freshly dead during die-offs in July 2002 and late August 2003 at several locations in the eastern basin of Lake Erie; no fish from Lake Ontario tested positive by means of QPCR. Our research has begun to clarify the role moribund fish may play in the C. botulinum type E intoxications that have recently struck the live-fish-eating birds of the lower Great Lakes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».