Comparative sequence analysis between orthologous regions of the<i>Arabidopsis</i>and<i>Populus</i>genomes reveals substantial synteny and microcollinearity
Notice bibliographique
Résumé
More than 300 kb of DNA sequence from five Populus bacterial artificial chromosome (BAC) clones was compared with the complete sequence of the Arabidopsis genome to search for collinearity between the genomes of these two plant genera. Approximately 27% of the DNA sequences from the Populus genome were homologous to protein-coding regions in the Arabidopsis genome. BLAST scores and synteny were used to infer orthologous relationships between the Populus and Arabidopsis homologs. The probability that any pair of genes on a single Populus BAC will have orthologs on the same Arabidopsis chromosome is 46%58%, substantially greater than the 20% expectation if there is no conservation of synteny between the Populus and Arabidopsis genomes. Likewise, the probability that any pair of genes on a single Populus BAC will have orthologs on a single Arabidopsis BAC is 19%25%, much higher than the 0.1% expected if the orthologs are randomly distributed. These results provide evidence for substantial "pockets" of conserved microcollinearity between regions of the Populus and Arabidopsis genomes as well as for conservation of synteny even when local gene collinearity is not preserved during genome evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».