Identification of a receptor for an extinct virus
Notice bibliographique
Résumé
The resurrection of endogenous retroviruses from inactive molecular fossils has allowed the investigation of interactions between extinct pathogens and their hosts that occurred millions of years ago. Two such paleoviruses, chimpanzee endogenous retrovirus-1 and -2 (CERV1 and CERV2), are relatives of modern MLVs and are found in the genomes of a variety of Old World primates, but are absent from the human genome. No extant CERV1 and -2 proviruses are known to encode functional proteins. To investigate the host range restriction of these viruses, we attempted to reconstruct functional envelopes by generating consensus genes and proteins. CERV1 and -2 enveloped MLV particles infected cell lines from a range of mammalian species. Using CERV2 Env-pseudotyped MLV reporters, we identified copper transport protein 1 (CTR1) as a receptor that was presumably used by CERV2 during its ancient exogenous replication in primates. Expression of human CTR1 was sufficient to confer CERV2 permissiveness on otherwise resistant hamster cells, and CTR1 knockdown or CuCl(2) treatment specifically inhibited CERV2 infection of human cells. Mutations in highly conserved CTR1 residues that have rendered hamster cells resistant to CERV2 include a unique deletion in a copper-binding motif. These CERV2 receptor-inactivating mutations in hamster CTR1 are accompanied by apparently compensating changes, including an increased number of extracellular copper-coordinating residues, and this may represent an evolutionary barrier to the acquisition of CERV2 resistance in primates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».