The Role of Specific Amino Acid Residues in The Vibrational Properties of Plastocyanin
Notice bibliographique
Résumé
Resonance Raman spectra for zucchini, cucumber, bean, and lettuce plastocyanins, blue copper proteins involved in plant photosynthetic electron transport, have been measured at wavelengths throughout their intense 600-nm absorption band. A comparison of the resonance Raman spectra of these four plastocyanins, and two others previously quantified, demonstrates that they all exhibit vibrational bands with similar frequencies but significantly different relative intensities. Self-consistent analysis of the absorption band and resulting resonance Raman excitation profiles using a time-dependent wave packet formalism for these four plastocyanins demonstrates that many of the derived molecular parameters are similar to those determined previously for two other species of plastocyanin. However, significant differences are observed in the mode-specific displacements and reorganization energies, although the total reorganization energy is 0.16 ± 0.01 eV for all six plastocyanins. A detailed comparison of the structural and compositional differences among the six plastocyanins, using the previously reported structure of poplar a plastocyanin, suggests that these mode-specific differences arise from specific amino acid differences within 10−12 Å of the copper site. These results are interpreted as arising from a through-bond mode-mixing mechanism and a through-space electrostatic mechanism and suggest that the normal modes of the copper site are delocalized into the protein. In addition, lettuce plastocyanin has a significantly greater homogeneous line width, probably as a result of compositional differences adjacent to the copper active site. These results demonstrate that the protein environment is strongly coupled to or mixed in with the copper site vibrational dynamics. Further evidence for the sensitivity of the resonance Raman intensities to particular electron-transfer pathways within the protein is also discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».