Scaffold Filling under the Breakpoint and Related Distances
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Motivated by the trend of genome sequencing without completing the sequence of the whole genomes, a problem on filling an incomplete multichromosomal genome (or scaffold) I with respect to a complete target genome G was studied. The objective is to minimize the resulting genomic distance between I' and G, where I' is the corresponding filled scaffold. We call this problem the onesided scaffold filling problem. In this paper, we conduct a systematic study for the scaffold filling problem under the breakpoint distance and its variants, for both unichromosomal and multichromosomal genomes (with and without gene repetitions). When the input genome contains no gene repetition (i.e., is a fragment of a permutation), we show that the two-sided scaffold filling problem (i.e., G is also incomplete) is polynomially solvable for unichromosomal genomes under the breakpoint distance and for multichromosomal genomes under the genomic (or DCJ--Double-Cut-and-Join) distance. However, when the input genome contains some repeated genes, even the one-sided scaffold filling problem becomes NP-complete when the similarity measure is the maximum number of adjacencies between two sequences. For this problem, we also present efficient constant-factor approximation algorithms: factor-2 for the general case and factor 1.33 for the one-sided case.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle