Scaffold Filling under the Breakpoint and Related Distances
Notice bibliographique
Résumé
Motivated by the trend of genome sequencing without completing the sequence of the whole genomes, a problem on filling an incomplete multichromosomal genome (or scaffold) I with respect to a complete target genome G was studied. The objective is to minimize the resulting genomic distance between I' and G, where I' is the corresponding filled scaffold. We call this problem the onesided scaffold filling problem. In this paper, we conduct a systematic study for the scaffold filling problem under the breakpoint distance and its variants, for both unichromosomal and multichromosomal genomes (with and without gene repetitions). When the input genome contains no gene repetition (i.e., is a fragment of a permutation), we show that the two-sided scaffold filling problem (i.e., G is also incomplete) is polynomially solvable for unichromosomal genomes under the breakpoint distance and for multichromosomal genomes under the genomic (or DCJ--Double-Cut-and-Join) distance. However, when the input genome contains some repeated genes, even the one-sided scaffold filling problem becomes NP-complete when the similarity measure is the maximum number of adjacencies between two sequences. For this problem, we also present efficient constant-factor approximation algorithms: factor-2 for the general case and factor 1.33 for the one-sided case.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».